A公司：借：固定资产清理 累计折旧 贷：固定资产； 借：长期股权投资 贷：固定资产清理 应交税费-应交增值税（销项税） B公司：借：固定资产 应-交税费-应交增值税（进项税） 贷：实收资本\股本。A公司应开发票给B，B公司收到增值税专用发票后可以抵扣进项税额。

因具体情况不了解，故以上回答仅供参考，具体请以主管税务机关为准。